Λογισμικό για Μικροβιολογία

Εκτός από τα μικροσκόπια και τα πιάτα Petri, οι υπολογιστές αποτελούν σημαντικό εργαλείο για τους μικροβιολόγους. Το λογισμικό για τη μικροβιολογική έρευνα περιλαμβάνει εργαλεία που χρησιμοποιούνται από άλλους επιστημονικούς και τεχνικούς κλάδους καθώς και εξειδικευμένες εφαρμογές για τη μελέτη βακτηρίων και άλλων μικροοργανισμών. Πολλές εφαρμογές που αναπτύσσονται από κυβερνητικούς οργανισμούς, μη κερδοσκοπικά ιδρύματα ή ακαδημαϊκούς ερευνητές διατίθενται ως ελεύθερο λογισμικό για λήψη και χρήση καθώς το πείραμά σας ή το εργαστήριο απαιτεί.

Εργαλεία απεικόνισης

Μια φυσική ή διανοητική εικόνα τα πρωτογενή δεδομένα που συλλέγετε μπορεί να σας βοηθήσουν να κατανοήσετε καλύτερα την ποιότητά του, τη σημασία και τις επιπτώσεις του. Το λογισμικό απεικόνισης ανοιχτού κώδικα και εμπορικών δεδομένων είναι ευρέως διαθέσιμο για έρευνα μικροβιολογίας. Δημιουργήστε διαγράμματα και γραφήματα των δεδομένων σας χρησιμοποιώντας το LibreOffice Calc, το Excel της Microsoft ή το σύστημα οπτικοποίησης δεδομένων Mondrian. Οι εφαρμογές Cell-O και RasMol σας βοηθούν να δημιουργήσετε μοντέλα με βιολογικά σημαντικά βιολογικά χαρακτηριστικά όπως πρωτεΐνες και αμινοξέα.

Μαθηματική Μοντελοποίηση

Οι μεγάλες συλλογές δεδομένων μικροβιολογίας συχνά δίνουν περισσότερες σημαντικές πληροφορίες μόλις έχουν αναλύθηκε αριθμητικά. MATLAB, Octave και SciPy πακέτα λογισμικού που εκτελούν μαθηματική βελτίωση, ανάλυση και μοντελοποίηση των δεδομένων των επιστημόνων. Χρησιμοποιήστε αυτά τα πακέτα για να κάνετε εκτιμήσεις παραμέτρων μέσω προσαρμογής καμπύλης, επιδημιολογικών προβλέψεων, προσομοιώσεων ανάπτυξης βακτηρίων και θορύβου δεδομένων ή εξάλειψης στοχαστικού αποτελέσματος. Αυτές οι εφαρμογές επίσης εκτελούν στατιστικούς υπολογισμούς, όπως η ανάλυση της διακύμανσης ή Chi-square τεστ.

Βιοπληροφορική γονιδιώματος

Οι εφαρμογές λογισμικού μικροβιολογίας σας βοηθούν επίσης να απεικονίσετε και να εξάγετε πληροφορίες από την αλληλουχία των νουκλεϊνικών οξέων που αποτελούν μια μικρο- του DNA του οργανισμού. Το Open Bioinformatics Foundation παρέχει δωρεάν εφαρμογές αλληλουχίας και ανάλυσης DNA ανοιχτού κώδικα όπως BioJava και Biopython που εξάγουν δεδομένα από τράπεζες πληροφοριών γονιδιώματος, αναλύουν τον κώδικα DNA ενός οργανισμού και συγκρίνουν το με άλλα δείγματα DNA. Πρόσθετα πακέτα ανάλυσης γονιδιώματος περιλαμβάνουν το Emboss, το HMMER, το Clustal Omega, το πακέτο συμπτωμάτων φαινογένης ή το PHYLIP και η ακολουθία χειρισμού ακολουθιών ή το SMS. Το λογισμικό αναφοράς

Ο ταχύς ρυθμός της επιστημονικής ανακάλυψης στη μικροβιολογία και στην αλλαγή της κυβέρνησης οι κανονισμοί καθιστούν απαραίτητο οι μικροβιολόγοι να έχουν εύκολη πρόσβαση στις πληροφορίες που επηρεάζουν τη δουλειά τους. Το HUGO είναι ένα εμπορικό πακέτο λογισμικού που παρέχει στους μικροβιολόγους πληροφορίες σχετικά με τα εργαλεία, τις χημικές ουσίες, τον εξοπλισμό, τα μέσα καλλιέργειας, τις απαιτήσεις ασφάλειας, τους νέους οργανισμούς, τις ταξινομικές αλλαγές και τα αντιβιοτικά. Επιπλέον, οι μικροβιολόγοι που εργάζονται στην επιστήμη των τροφίμων μπορούν να χρησιμοποιήσουν την εφαρμογή Web Browser του ComBase για πρόσβαση στα μικροβιολογικά δεδομένα σχετικά με τα τρόφιμα που παρέχονται από κυβερνητικές υπηρεσίες στο Ηνωμένο Βασίλειο, την Αυστραλία και τις Ηνωμένες Πολιτείες.