Δεν υπάρχει τρόπος λειτουργίας που να μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την απευθείας εκτέλεση εφαρμογών των Windows 98 που είναι εγκατεστημένες στα Windows Vista. Οι εφαρμογές που έχουν σχεδιαστεί για Windows 98 δεν είναι συμβατές με τα Windows Vista και δεν μπορούν να εκτελεστούν σε αυτά. Αυτό οφείλεται στις σημαντικές αλλαγές και βελτιώσεις που εισήχθησαν στο λειτουργικό σύστημα Windows από τα Windows 98 στα Windows Vista.