Στο Puppy Linux, το προεπιλεγμένο κέλυφος της γραμμής εντολών είναι το κέλυφος BusyBox, γνωστό και ως στάχτη. Αυτό είναι ένα ελαφρύ και ευέλικτο κέλυφος που παρέχει τυπική λειτουργικότητα γραμμής εντολών Linux. Άλλα κελύφη που χρησιμοποιούνται συνήθως στο Puppy Linux περιλαμβάνουν το κέλυφος Bash (Bourne-Again SHell) και το Zsh (Z Shell). Οι χρήστες μπορούν εύκολα να αλλάζουν μεταξύ διαφορετικών κελύφους αλλάζοντας τη μεταβλητή περιβάλλοντος SHELL ή επικαλώντας το επιθυμητό κέλυφος απευθείας από το τερματικό.