Πώς ανοίγετε ένα αρχείο .pdb;

Υπάρχουν μερικοί τρόποι για να ανοίξετε ένα αρχείο PDB.

Χρησιμοποιήστε ένα πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου.

Τα αρχεία PDB είναι αρχεία απλού κειμένου, επομένως μπορείτε να τα ανοίξετε με οποιοδήποτε πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου, όπως το Σημειωματάριο ή το WordPad. Ωστόσο, δεν θα μπορείτε να δείτε την τρισδιάστατη δομή του μορίου σε ένα πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου.

Χρησιμοποιήστε πρόγραμμα προβολής PDB.

Υπάρχουν πολλά διαφορετικά προγράμματα προβολής PDB διαθέσιμα, τόσο δωρεάν όσο και εμπορικά. Μερικές δημοφιλείς επιλογές περιλαμβάνουν:

- PyMOL: Ένα πρόγραμμα προβολής PDB δωρεάν και ανοιχτού κώδικα με ένα ευρύ φάσμα δυνατοτήτων.

- VMD: Ένα πρόγραμμα προβολής PDB δωρεάν και ανοιχτού κώδικα που είναι ιδιαίτερα κατάλληλο για την οπτικοποίηση μεγάλων μορίων.

- Χίμαιρα: Ένα εμπορικό πρόγραμμα προβολής PDB που είναι γνωστό για τη φιλική προς το χρήστη διεπαφή και το εκτεταμένο σύνολο χαρακτηριστικών.

Για να ανοίξετε ένα αρχείο PDB σε ένα πρόγραμμα προβολής PDB, απλώς επιλέξτε το στοιχείο μενού Αρχείο> Άνοιγμα και περιηγηθείτε στο αρχείο PDB που θέλετε να ανοίξετε. Στη συνέχεια, το πρόγραμμα προβολής PDB θα φορτώσει το αρχείο και θα εμφανίσει την τρισδιάστατη δομή του μορίου.

Χρησιμοποιήστε πρόγραμμα περιήγησης ιστού.

Υπάρχει επίσης ένας αριθμός προγραμμάτων περιήγησης ιστού που μπορούν να εμφανίσουν αρχεία PDB. Μερικές δημοφιλείς επιλογές περιλαμβάνουν:

- Τράπεζα δεδομένων πρωτεΐνης RCSB: Ο επίσημος ιστότοπος της Τράπεζας Δεδομένων Πρωτεϊνών, που φιλοξενεί μια μεγάλη συλλογή αρχείων PDB.

- Mol* Viewer: Ένα δωρεάν πρόγραμμα προβολής PDB βασισμένο στον ιστό ανοιχτού κώδικα που σας επιτρέπει να προβάλλετε την τρισδιάστατη δομή των μορίων στο πρόγραμμα περιήγησής σας στον ιστό.

- JSmol: Ένα δωρεάν πρόγραμμα προβολής PDB βασισμένο σε Java και ανοιχτού κώδικα που σας επιτρέπει να προβάλλετε την τρισδιάστατη δομή των μορίων στο πρόγραμμα περιήγησής σας στον ιστό.

Για να ανοίξετε ένα αρχείο PDB σε ένα πρόγραμμα περιήγησης ιστού, απλώς αντιγράψτε και επικολλήστε το αναγνωριστικό PDB στη γραμμή αναζήτησης του προγράμματος περιήγησης Ιστού. Το πρόγραμμα περιήγησης Ιστού θα φορτώσει στη συνέχεια το αρχείο PDB και θα εμφανίσει την τρισδιάστατη δομή του μορίου.