Το SAM σημαίνει Sequence Alignment Map και είναι μια τυπική μορφή για την αποθήκευση δεδομένων στοίχισης ακολουθίας. Τα αρχεία SAM βρίσκονται συνήθως στον ίδιο φάκελο ή κατάλογο με τα άλλα δεδομένα εισόδου, όπως αρχεία FASTA ή αρχεία FASTQ. Μπορούν επίσης να βρεθούν στον φάκελο εξόδου ή στον κατάλογο ενός προγράμματος ανάλυσης ακολουθίας.