Δεν ελέγχουν όλα τα προγράμματα προστασίας από ιούς όλα τα αρχεία για ιούς κατά τη διαδικασία εκκίνησης. Εξαρτάται από το συγκεκριμένο πρόγραμμα προστασίας από ιούς και τη διαμόρφωσή του. Ορισμένα προγράμματα ενδέχεται να εκτελούν επιλεκτική σάρωση κατά την εκκίνηση, ενώ άλλα μπορεί να προσφέρουν την επιλογή για την εκτέλεση πλήρους σάρωσης συστήματος, η οποία μπορεί να περιλαμβάνει σάρωση όλων των αρχείων.