Τρόπος εξαγωγής των εγγραφών από πολλούς - Fasta Perl Αρχεία

Η μορφή του αρχείου ΡΑδΤΑ χρησιμοποιείται για την αποθήκευση των δεδομένων ακολουθίας από τα νουκλεϊκά οξέα ή πεπτίδια . Πολλαπλές αλληλουχίες μπορούν να αποθηκεύονται σε ένα αρχείο , ένα αρχείο που ονομάζεται πολυ- FASTA . Δεδομένων αλληλουχιών έχει διαμορφωθεί ως ένα μικρό header γραμμή προσδιορισμό της αλληλουχίας και μετά από μια νέα γραμμή των δεδομένων ακολουθίας . Εντοπίζοντας τις κεφαλίδες αλληλουχίας σε ένα αρχείο πολλαπλών FASTA με εντολές Perl, είναι δυνατό να εξαγάγετε μεμονωμένα αλληλουχίες από ένα αρχείο πολλαπλών FASTA . Οδηγίες
Η

1 Ανοίξτε ένα πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου με ένα κενό αρχείο κειμένου για να ξεκινήσει ένα νέο πρόγραμμα Perl . 2

Ξεκινήστε το πρόγραμμα καθορίζοντας την τοποθεσία του Perl στο σύστημά σας . Αυτό είναι συνήθως " /usr /bin /perl " ή " /usr /local /bin /perl . "

# ! /Usr /bin /perl
εικόνων 3

Εισαγωγή της «αντικειμενικής » και « Αρχείο :: Όνομα βάσης " βιβλιοθήκες . Το "Αρχείο :: Όνομα βάσης " βιβλιοθήκη υποστηρίζει parsing των διαδρομών και επεκτάσεις . Η " αυστηρή" βιβλιοθήκη περιορίζει ανασφαλείς κατασκευές , ρίχνοντας ένα σφάλμα κατά τη μεταγλώττιση και όχι κατά το χρόνο εκτέλεσης .

Αρχείο χρήση strictuse :: Όνομα βάσης
Η 4

Διαβάστε τη μεταβλητή επιχείρημα από τη γραμμή εντολών . Το πρόγραμμά σας , θα πρέπει να επιλέξετε να το ονομάσετε " fasta_extract.pl , " θα περιμένουμε να δοθεί η θέση ενός αρχείου FASTA και παραμέτρους για να επιλέξει ακολουθίες για να εξαγάγετε . Η πρώτη παράμετρος θα είναι ένα όνομα αρχείου FASTA και η δεύτερη θα είναι μια σειρά για την αναγνώριση προτύπων. Μεταβλητή Επιχείρημα είναι προσβάσιμα από το " $ argv " συστοιχία

μου fasta_file $ = $ argv [ 0 ] ? . $ Μου μοτίβο = $ argv [ 1 ] ?
5

Open το αρχείο ΡΑδΤΑ χρησιμοποιώντας το " open () " λειτουργία. . " . Δεν μπορώ να ανοίξω το αρχείο ΡΑδΤΑ \\ n"