Το PDB σημαίνει Τράπεζα Δεδομένων Πρωτεϊνών. Είναι μια αποθήκη τρισδιάστατων δομικών δεδομένων μεγάλων μορίων βιολογικής σημασίας, όπως πρωτεΐνες, DNA και RNA. Το PDB είναι ένα αρχείο που διατηρείται από την Worldwide Protein Data Bank (wwPDB), μια κοινοπραξία του Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB), του European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) και της Protein Data Bank Japan (PDBj). Το ΠΣΠ περιέχει πειραματικά προσδιορισμένες δομές βιομορίων, συμπεριλαμβανομένων ατομικών συντεταγμένων, πειραματικών συνθηκών και άλλων σχετικών δεδομένων. Τα δεδομένα στο ΠΣΠ είναι ελεύθερα διαθέσιμα στο κοινό και χρησιμοποιούνται από επιστήμονες για έρευνα, εκπαίδευση και σχεδιασμό φαρμάκων.