Το MicroATX δεν αυξάνει το συνολικό κόστος ενός συστήματος με βάση τον αριθμό των υποδοχών επέκτασης στη μητρική πλακέτα. Οι μητρικές κάρτες MicroATX έχουν γενικά λιγότερες υποδοχές επέκτασης σε σύγκριση με τις μητρικές πλακέτες ATX, γεγονός που μπορεί να οδηγήσει σε χαμηλότερο κόστος για την ίδια τη μητρική πλακέτα. Ωστόσο, η διαφορά κόστους είναι συνήθως αμελητέα και δεν επηρεάζει σημαντικά το συνολικό κόστος του συστήματος. Το συνολικό κόστος ενός συστήματος εξαρτάται από διάφορους παράγοντες, όπως τα επιλεγμένα εξαρτήματα (π.χ. CPU, GPU, μνήμη, αποθήκευση), το μέγεθος της θήκης, το τροφοδοτικό και πρόσθετα χαρακτηριστικά ή αξεσουάρ.