Το σύστημα αρχείων που χρησιμοποιείται από τις κάρτες μνήμης SDXC είναι το exFAT (Extended File Allocation Table). Αυτό το σύστημα αρχείων αναπτύχθηκε από τη Microsoft και έχει σχεδιαστεί για χρήση με κάρτες μνήμης flash, όπως κάρτες SDXC. Το exFAT υποστηρίζει αρχεία μεγαλύτερα από 4 GB και μπορούν να μορφοποιηθούν τόσο σε λειτουργικά συστήματα Windows όσο και σε Mac.