Δεν είναι δυνατή η μετατροπή ενός διαμερίσματος FAT16 σε NTFS χρησιμοποιώντας τα ενσωματωμένα εργαλεία των Windows 98. Ωστόσο, λογισμικό τρίτων κατασκευαστών, όπως το Partition Magic, μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την εκτέλεση αυτής της μετατροπής. Μπορείτε επίσης να δοκιμάσετε να χρησιμοποιήσετε το εργαλείο διαχείρισης δίσκων που περιλαμβάνεται στα Windows 98 για να μετατρέψετε ένα διαμέρισμα από FAT16 σε NTFS, αλλά αυτό ενδέχεται να μην λειτουργεί σε παλαιότερες εκδόσεις των Windows 98.