Δεν συνιστάται η κοινή χρήση ενός λειτουργικού συστήματος μεταξύ υπολογιστών, καθώς μπορεί να οδηγήσει σε διενέξεις μεταξύ των στοιχείων υλικού και λογισμικού και των δύο μηχανών. Διαφορετικοί υπολογιστές έχουν συνήθως διαφορετικές διαμορφώσεις υλικού και απαιτήσεις προγραμμάτων οδήγησης, επομένως η κοινή χρήση ενός λειτουργικού συστήματος μεταξύ τους μπορεί να προκαλέσει προβλήματα συμβατότητας. Επιπλέον, η κοινή χρήση ενός λειτουργικού συστήματος μπορεί να θέσει σε κίνδυνο την ασφάλεια, καθώς επιτρέπει σε έναν υπολογιστή να έχει πρόσβαση και ενδεχομένως να διακυβεύει τα δεδομένα και τα αρχεία του άλλου υπολογιστή.